Die Neue Schein-Ausgabe stellt das überlieferte Werk des Leipziger Thomaskantors der Forschung und der musikalischen Praxis nach modernen Editionsprinzipien zur Verfügung. Die Bände gliedern sich, beginnend mit den Vokalwerken, im wesentlichen nach den originalen Drucken. Der quellenkritisch erarbeitete Notentext erscheint in moderner Notation, in heute geläufigen Schlüsseln und unter Verwendung von Taktstrichen.
Jeder Band enthält ein Vorwort, das in das Werk einführt und über Quellen und Fragen der Aufführungspraxis informiert, Faksimiles aus dem Quellenbestand sowie den Kritischen Bericht.