Die Neue Mozart-Ausgabe bietet der Forschung auf Grund aller erreichbaren Quellen – in erster Linie Autographe Mozarts – einen wissenschaftlich einwandfreien Notentext, der zugleich der musikalischen Praxis eine Basis für werkgerechte Aufführungen schafft. Die zwischen 1956 und 1991 erschienenen Hauptserien I bis IX mit dem eigentlichen Werkbestand gelten als Jahrhundertwerk der neueren Mozart-Forschung, und auch die moderne Aufführungspraxis der Werke Mozarts ist ohne diese Edition nicht denkbar. Bedeutende Bände des Supplements haben auf bisher wenig beachtete Aspekte des Mozartschen Schaffens, wie etwa seine Tätigkeit als Lehrer oder als Bearbeiter fremder Werke, ein neues, erhellendes Licht geworfen.
Die Ausgabe erscheint in 35 Werkgruppen, die sich auf 10 Serien verteilen. Innerhalb der Werkgruppen stehen die vollendeten Werke in chronologischer Reihenfolge. Skizzen, Entwürfe und Fragmente zu den Werken befinden sich im Anhang des betreffenden Bandes. Jeder Notenband enthält neben den Werkabdrucken ein ausführliches Vorwort und Faksimileabbildungen aus dem Quellenmaterial. Zu jedem Notenband erscheint separat ein Kritischer Bericht.